ストーリーモードを開始するとオープニングアニメーションが流れる。オープニングのアニメーションの後、執政院ラーダへと場所が移り、ミッションの「ハイランダーへの試練」を受領する。その後ブシドーの「レン」とカースメーカーの「ツスクル」がゲストとして仲間になり、プレイヤーの名前を入力する。最後に「迷宮の地図」をもらう。
シリカ商店へと向かい武具などを購入し、長鳴鶏の宿屋でセーブをしておく。用意が終わったら樹海入り口へ行き「第1階層 翠緑ノ樹海 B1F」へ向かう。赤い枠線に囲まれた範囲を調査し地図を完成させる。調査が終わると会話イベントがあり、執政院ラーダへ戻ることになる。戻る途中に地震のイベントが発生する。
執政院ラーダでミッションの報告を行うとレンとツスクルがパーティから離脱し、報酬の200エンを入手する。その後ミッションの受領より「エトリアの怪異を追え！」を受ける。樹海入り口へ行き兵士の質問に「準備はできています」を選択して「グラズヘイム」へ向かう。
グラズヘイムへ到着すると兵士から「メディカ」を3個と「ネクタル」をもらえる。グラズヘイムArea1の探索を開始する。しばらく進むと機械音が聞こえるイベントが発生する。更に探索を進め、ロックのかかった扉の先でアニメーションイベント後ボス戦（彷徨いし駱駝）となる。ボス戦後「フレドリカ」「サイモン」、「アーサー」、「ラクーナ」がパーティに加わる。フレドリカが眠っていた装置を調べるとイベントが発生。壁の裂け目を通り更に奥へと進む。
少し進むと会話イベントが発生する。マップ上に出現している！マークの場所へ行き更にイベントを見る。その後入り口の兵士に話しかけて調査の終了を報告すると街へと戻る。執政院ラーダでミッションの報告をし報酬の400エンをもらう。その後冒険者ギルド名を決めて「執政院からの親書」をもらう。酒場でのイベント後、樹海の入り口へ。
第1階層 翠緑ノ樹海へ入るとアニメーションイベントが流れる。「第1階層 翠緑ノ樹海 B2F」へ向かう。B2Fを進むと「狂える角鹿（FOE）」が出現する。更に奥に進むとイベント後に「ひっかきモグラ（希少個体）」と戦闘になる。
第1階層 翠緑ノ樹海 B2Fの南東エリアで地震のイベントが発生する。進むと「岩イノシシ（FOE）」が出現する。更に進み「第1階層 翠緑ノ樹海 B3F」へと向かう。
第1階層 翠緑ノ樹海 B3Fに到着するとイベントが発生し「全てを刈る影（FOE）」が出現。（※第1階層 翠緑ノ樹海 B3Fの扉の前に到着すると体験版の場合はストーリーはここで終了）
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